国が行った環境アセスメントでは、開門方法について、全面開門、段階的開門、制限的開門の3つの各ケースについて、開門した場合の影響予測が行われています。
なお、3つ目の制限的開門という方法が、さらにケース3－1とケース3－2の2つの方法に分けられ、国は、ケース3－2の方法で開門しようとしていますが、ケース3-2は平成14年に行われた短期開門調査と同じ方法であり、既に有明海再生にはつながらない結果が得られています。
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