漁業者の方々の中には、「有明海の再生」や「有明海の環境変化の原因究明」ができるのではないかと考えて、開門調査を求める意見もあります。
しかしながら、開門調査を行えば、地元の防災や農業だけでなく、漁業にも多大な被害や影響の発生（漁業への影響【PDF：862KB】）が懸念されます。
このため、諫早湾や島原半島の12漁協の組合長のうち、瑞穂漁協を除く11漁協組合長は、一部に漁場環境回復の兆しも見られる中、開門調査を行えば漁場環境に被害を受けるとして、開門調査に反対されております。
本県としては、まず、環境アセスメントの実施による科学的かつ客観的な検証を行った上で、開門調査の是非について判断すべきだと考えております。
また、開門調査により直接被害を受けるのは本県の地元の方々であり、地元の同意なくして開門調査が行われるようなことがあってはならないと考えています。
開門調査のためだけに巨額の費用をかけるよりも、国は筑後大堰、熊本新港、ノリ酸処理などの有明海環境劣化の複合的な要因（ノリ酸処理等の影響【PDF：441KB】）について調査・研究を行った上で、真の有明海の水産振興等に投じていくことこそが、漁業者の方にとっても、より生産的であると考えています。
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