長崎県のがん対策は、医療等に関することについては、「長崎県がん診療連携協議会」（県拠点病院の長崎大学病院に事務局を設置）等の意見を参考にしながら、がん全般については、長崎県保健医療対策協議会「がん対策部会」において、対策の基本的な方向を決定していくこととしています。
がん診療連携協議会及びがん対策部会と県の三者が密接な連携を図りつつ、がん対策を推進していきます。
本県には、県内8医療圏域のうち、4医療圏に6箇所（長崎3、佐世保県北1、県央1、県南1）のがん診療連携拠点病院と2医療圏に2箇所（佐世保県北1、県央１）のそれに準ずる病院（長崎県指定がん診療連携推進病院）が整備されています。
県拠点病院であります長崎大学病院は、拠点病院の役割に加え、地域拠点病院において専門的ながん医療を行う医師・薬剤師・看護師等に対する研修や症例相談、診療支援等を行うとともに、「長崎県がん診療連携協議会」を設置し、県全体の研修会の計画や拠点病院間の調整・連携を図っています。
主にがんの組織を用いて、多数の遺伝子を同時に調べ（がん遺伝子パネル検査）、遺伝子変異（※1）を明らかにすることにより、一人一人の体質や病状に合わせて治療などを行う医療です。
全国どこでもがんゲノム医療が受けられる（※2）ようになることを目指して、国は、がんゲノム医療中核拠点病院、がんゲノム医療拠点病院を指定しました。また、これらの拠点病院は、連携する病院をがんゲノム医療連携病院として選定しています。
（※1）遺伝子変異：細胞の中の遺伝子がなんらかの原因で後天的に変化することや、生まれもった遺伝子の違い。
（※2）現在、保険診療が適用されるのは、次の要件を満たし、全身状態及び臓器機能等から、本検査施行後に化学療法の適応となる可能性が高いと主治医が判断した者
・局所進行若しくは転移が認められ標準治療が終了となった固形がん患者（終了が見込まれる者を含む）
・標準治療がない固形がん患者
がん遺伝子パネル検査は、生検や手術などで採取されたがんの組織を用いて、高速で大量のゲノムの情報を読み取る「次世代シークエンサー」という解析装置で、1回の検査で多数（多くは100以上）の遺伝子を同時に調べます。
遺伝子変異が見つかり、その遺伝子変異に対して効果が期待できる薬がある場合には、臨床試験等でその薬の使用を検討します。
詳しくは、国立がん研究センター がん情報サービスのサイトをご覧ください。
がんゲノム医療 もっと詳しく知りたい方へ（外部サイトへリンク）
国は，ゲノム医療を必要とするがん患者さんが、全国どこにいても、がんゲノム医療を受けられる体制を構築するため、全国に「がんゲノム医療中核拠点病院」を11箇所、「がんゲノム医療拠点病院」34を指定し、「がんゲノム医療連携病院」161箇所公表しています。（令和2年1月1日現在）
詳しくは、厚生労働省のサイトをご覧ください。
がんゲノム医療中核拠点病院等の整備に関する指針（外部サイトへリンク）
（令和2年1月1日現在 11医療機関）
九州では、九州大学病院が「がんゲノム医療中核病院」に指定されています。
がんゲノム医療拠点病院
（令和2年1月1日現在 34医療機関）
長崎県内では、令和元年9月19日、長崎大学病院が「がんゲノム医療拠点病院」に指定されました。
（令和2年1月1日現在 161医療機関）
長崎県内では、長崎大学病院が、連携する「がんゲノム医療連携病院」として、佐世保市総合医療センター並びに長崎医療センターを選定しました。