定期監査
県の財務に関する事務の執行、経営に係る事業の管理及び事務の執行が法令等に則って適正に処理されているかを主眼に、経済性・効率性・有効性の観点にも十分留意して、監査を行います。
毎年度1回以上は行うこととなっていることから、「定期監査」と言っています。
（地方自治法第199条第1項及び第4項）
行政監査
県の事務が、適正に、効率的に行われているか、また、県の組織及び運営が合理的に適正な規模で行われているかなどを必要と認めるときに監査します。
（地方自治法第199条第2項）
随時監査
毎年度1回行っている定期監査と異なり、不正事案や県民の関心が高い事案などについて、監査委員が必要があると認めるときはいつでも、時期を逸することなく、県の財務に関する事務の執行、経営に係る事業の管理について監査することができます。
（地方自治法第199条第5項）
財政援助団体等監査
県が補助金などの財政的援助を与えている団体、県が資本金・基本金などの4分の1以上を出資している団体、県が設置している公の施設の管理を行わせているものなどを財政援助団体等といい、こうした団体が補助や出資の目的に沿った運営や活動をし、資金が正しく使われているか、公の施設は適切に管理運営されているかなどを監査委員が必要があると認めるとき監査します。
（地方自治法第199条第7項）
決算審査
知事からの審査依頼にもとづき、一般会計及び特別会計、公営企業会計の決算について、決算係数の確認を行い、
1.予算の執行、資金運用及び財産管理の状況について適正に行われているか
2.予算は効率的・効果的に最少の経費で最大の効果を挙げているか
などの視点から審査し、意見書を提出します。
知事は、監査委員の審査に付した決算を監査委員の意見を付けて議会の認定に付さなければならないこととなっています。
決算審査は、予算の執行過程を分析し、次年度以降の予算編成に対する参考資料を提供する役割を担っており、「 予算編成 → 執行 → 決算審査・認定 → 予算編成 」というサイクルの中で重要な役割を果たしています。
一般会計及び特別会計
決算計数の確認を行い、予算の執行、資金運用及び財産管理の状況について審査し、意見書を提出します。
（地方自治法第233条第2項）
公営企業会計
決算計数の確認を行い、経営成績及び財政状態について審査し、意見書を提出します。
（地方公営企業法第30条第2項）
基金運用状況審査
長崎県用地基金など3つの基金について、計数の確認を行うとともに、基金が目的に沿って適正かつ効率的に運用されているか等を審査し、意見書を提出します。
（地方自治法第241条第5項）
健全化判断比率等審査
平成19年度決算から、地方公共団体の財政の健全化に関する法律（以下「地方財政健全化法」という。）に基づき、知事から審査を依頼された次の4つの健全化判断比率と資金不足比率について、適正に算定されているかを審査し、意見書を提出します。
健全化判断比率の審査 （地方財政健全化法第3条）
・実質赤字比率
一般会計等の実質赤字額の標準財政規模に対する割合
・連結実質赤字比率
交通、港湾の公営企業会計を含む全会計を対象とした実質赤字比率
・実質公債費比率
公債費相当額に充当された一般財源の標準財政規模に対する割合
・将来負担比率
一般会計等が将来負担すべき実質的な負債の標準財政規模に対する割合
資金不足比率の審査 （地方財政健全化法第22条）
・資金不足比率
公営企業毎の資金不足額の事業規模に対する割合
内部統制評価報告書審査
知事による内部統制の実施についての評価が適切に実施されたか、内部統制の不備について重大な不備に当たるかどうかの判断が適切に行われているかなどについて審査を行います。
例月出納検査
各会計の収入額・支出額・保管現金残額について、帳簿等と照らし合せて確認し、出納事務が適正に行われているかどうかを毎月検査します。
（地方自治法第235条の2第1項）
住民監査請求に基づく監査
知事等の執行機関や職員による違法・不当な公金の支出などの県の財務会計上の行為について、県民から監査の請求がなされたものについて監査します。
（地方自治法第242条第4項）
※「県の財務会計上の行為」とは
1. 公金の支出（補助金の支出など）
2. 財産（土地、建物、物品など）の取得、管理、処分
3. 契約（工事請負契約など）の締結、履行
4. 債務その他の義務の負担（借入など）
5. 公金の賦課徴収を怠る事実（県税の徴収を怠る場合など）
6. 財産の管理を怠る事実（県有財産の不法占有を放置している場合など）
その他の監査
そのほかにも、知事の要求にもとづく監査（地方自治法第199条第6項）、選挙権を有する者の連署請求にもとづく監査（地方自治法第75条第3項）、議会の請求にもとづく監査（地方自治法第98条第2項）、職員の賠償責任についての監査（地方自治法第243条の2第3項）などを実施します。
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