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| 港湾名 | 港格 | 所在地（合併前所在地） | |
| 長崎 | ナガサキ | 重要 | 長崎市 |
| 高島 | タカシマ | 地方 | 長崎市（旧高島町） |
| 伊王島 | イオウジマ | 地方 | 長崎市（旧伊王島町） |
| 茂木 | モギ | 地方 | 長崎市 |
| 太田尾 | オオタオ | 地方 | 長崎市 |
| 脇岬 | ワキミサキ | 地方（避難） | 長崎市（旧野母崎町） |
| 古里 | フルサト | 地方 | 長崎市（旧野母崎町） |
| 長与 | ナガヨ | 地方 | 長与町 |
| 時津 | トギツ | 地方 | 時津町 |
| 小口 | コグチ | 地方 | 長崎市（旧琴海町） |
| 神ノ浦 | コウノウラ | 地方 | 長崎市（旧外海町） |
| 池島 | イケシマ | 地方 | 長崎市（旧外海町） |
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