小児慢性特定疾病指定医療機関の概要

　平成26年5月に「児童福祉法の一部を改正する法律」が成立し、平成27年1月1日から新たな小児慢性特定疾病医療費助成制度が実施されます。
　この制度では、都道府県知事等の指定を受けた医療機関等（指定小児慢性特定疾病医療機関）が行う医療に限り、小児慢性特定疾病患者の方が助成を受けることができます。
　指定小児慢性特定疾病医療機関の指定を受けるためには、申請手続きが必要になります。
　指定小児慢性特定疾病医療機関の指定の申請手続きについては、(1)指定小児慢性特定疾病医療機関指定申請書、(2)役員名簿、(3)医療機関等の概要（任意様式）の提出をこども家庭課母子保健班までお願いします。
　なお、指定医療機関としての指定日は、県が申請書を受理した月の翌月１日となります。
 

【重要】令和8年熊本地震に係る長崎県小児慢性特定疾病医療費の取扱いについて（令和8年7月30日更新）

　令和８年熊本地震による被災に伴い、長崎県が発行する小児慢性特定疾病医療受給者証を紛失あるいは家庭に残したまま避難していること等により、受給者証の提出ができない場合においても、医療機関等において、小児慢性特定疾病医療受給者証の交付を受けているものであることを申し出いただき、氏名、年齢、生年月日及び住所を確認することにより、当面の間、受診できるものといたします。

　また、緊急の場合は、指定小児慢性特定疾病医療機関以外の医療機関でも受診できるものといたします。

　医療機関等は、児童福祉法第19条の２の小児慢性特定疾病医療支援の対象の申し出があった場合、明細書の記入にあたっては、公費負担番号に含まれる２桁の法別番号（児童福祉法による小児慢性特定疾病医療支援「52」）を付すとともに、摘要欄の余白に被災前の住所を記載し、可能な範囲で当該小児慢性特定疾病医療支援の対象疾病名を記載の上、審査支払期間に請求するようお願いします。

　なお、公費負担者番号（８桁）、受給者番号（７桁）が確認できた場合にはそれぞれ記載することとし、このうち公費負担者番号（８桁）を記載した場合は住所を記載する必要はありません。また、公費負担者番号が確認でき、受給者番号が確認できない場合においては、摘要欄の先頭に「不詳」と記載するようお願いします。

○【国・事務連絡】令和8年熊本地震に係る公費負担医療の取扱いについて (PDF 172KB)
○(別添)【事務連絡】令和8年熊本地震に伴う災害の被災者に係るマイナ保険証又は資格確認書等の提示等について (PDF 95.1KB)

【指定小慢医療機関のご担当者様へ】小児慢性特定疾病医療受給者証における『適用区分』の記載が廃止されます。（令和8年2月18日更新）

　これまで小児慢性特定疾病医療受給者証において、保険者名、記号・番号及び高額療養費の適用区分（ア～オ）を記載していたところですが、厚生労働省の通知により、令和8年3月1日から医療保険における所得区分の照会等に係る事務が廃止されることに伴い、同日以降に新規発行される受給者証について、上記項目の記載が廃止されます。

　なお、長崎県が発行する小慢受給者証については、システム改修に時間を要するため、保険者名、保険者番号、記号・番号はこれまでどおり記載、適用区分については記載欄に斜線を引く形で当面対応することとし、準備ができ次第、該当する記載欄を削除する予定です。

　指定小慢医療機関におかれましては、オンライン資格確認等システムから患者の資格情報を取得するなどにより、所得区分の確認をしていただくこととなります。

　詳しくは以下のリーフレットをご確認ください。
保険者照会事務等廃止の周知用リーフレット［PDFファイル／263KB］
【指定医の皆様へ】指定難病及び小児慢性特定疾病に係る診断書登録のオンライン化について

【指定小慢医療機関のご担当者様へ】指定小慢医療機関辞退の際には、１か月以上の予告期間が必要です。

指定小慢医療機関の指定を辞退しようとする指定医療機関の開設者等は、１か月以上の予告期間を設けて指定を辞退することができます。
指定を辞退するときは、医療機関の開設者等は、必要事項を記入した辞退届により届出をお願いします。
電子申請システムでの届出や様式のダウンロードは、本ページ下部からご利用いただけます。

県内における指定医療機関

医療費助成の対象となるのは、都道府県が指定した医療機関（病院・薬局・訪問看護ステーション）で行った治療に限られます。また、申請をする際に必要な医療意見書は、都道府県等が指定した指定医による記載でなければなりません。

＜指定小児慢性特定疾病医療機関　一覧＞

長崎県小児慢性特定疾病指定医療機関(病院 診療所)(令和8年6月1日現在) (PDF 170KB)
長崎県小児慢性特定疾病指定医療機関(訪問看護)(令和8年6月1日現在) (PDF 94.3KB)
長崎県小児慢性特定疾病指定医療機関(薬局)(令和8年6月1日現在) (PDF 237KB)

＊指定医療機関については、医療機関の所在地を管轄する都道府県・指定都市・中核市、指定医については、指定医が勤務する医療機関の所在地を管轄する都道府県等が指定します。長崎県以外については、各自治体のホームページでご確認下さい。

長崎県電子申請システムによるオンライン申請

下記のリンク先から申請してください。
※「長崎県電子申請システム」の操作方法に関するご質問等は、お問合せコールセンターにお問い合わせください。
※申請には、長崎県電子申請システムの利用者IDの登録が必要です。

長崎県　電子申請システム
指定医療機関（新規申請）
指定医療機関（変更申請）
指定医療機関（更新申請）

また、これまでどおり下記のリンク先から様式をダウンロードして郵送等にて申請することも可能です。
指定医療機関（ダウンロード用）